منابع بهائى توجه دولت روس به سرنوشت میرزاحسینعلى نورى را با علاقه خاص دختر سفیر روس به مشار الیه پیوند مىدهند.این ادعا با سیر تاریخى وقایع سازگار نیست، چرا که پس از رسیدن به بغداد، میرزا حسینعلى نامهاى به سفیر روس نگاشت و از وى و دولت روس جهت این حمایت قدردانى کرد. سالها بعد نیز در لوحى خطاب به نیکلاویچ الکساندر دوم به این کمک سفیر روس اشاره و از دولت روس سپاسگزارى نمود. وجود چنین مواردى در مکتوبات و نامههاى میرزا حسینعلى و اخلاف او سبب شده است که موضوع ارتباط دول استعمارى با آیین هاى بابى و بهائى، یکى از مسائل جدى و پر مناقشه تاریخ بهائیت شود. على رغم ادعاى برخى ردیه هاى موجود، سند متقنى در مورد اینکه دولت هاى استعمارى پدیدآورنده آیین هاى بابى و بهائى باشند در دست نیست. تاریخ تکوین این دو مذهب، بیش از هر چیز، دگراندیشى فرقهاى در درون مکتب شیخى و تنش هاى اعتقادى، سیاسى و تاریخى را به عنوان موجد و مسبب اصلى آنها به ذهن متبادر مىکند، ولى در علاقه دول استعمارى به پیگیرى حوادث آنها، و گاهى دخالت آشکار در سیر تحولات این آیین ها ـ از جمله فشار سیاسى دولت روس براى حفظ جان میرزا حسینعلى نورى ـ نیز هیچگونه شکى وجود ندارد.
موارد دیگرى از این علاقه دول استعمارى، در منابع بهائى و غیر بهائى گزارش شده است، از جمله در ١٢٧٨، سر آرنولد باروز کمبال ، جنرال قنسولى دولت انگلستان، با میرزا حسینعلى در بغداد ملاقات و قبول حمایت و تابعیت دولت انگلیس و مهاجرت به هند استعمارى یا هر نقطه دیگرى را به او پیشنهاد کرد. نظیر همین تقاضا را نایب کنسول فرانسه در ایامى که وى در ادرنه بود از او داشت و از وى خواست که تابعیت فرانسه را بپذیرد تا مورد حمایت و تقویت قرار گیرد. نامق پاشا، والى بغداد، نیز که گاه به جذب ایرانیان مخالف دولت بىمیل نبود، با میرزا حسینعلى به غایت احترام رفتار مىکرد و به تذکرات دولت ایران اعتنایى نداشت. در ایام اقامت او و بابی ها در عراق و استانبول، براى ایشان مقررى نیز تعیین شده بود که بعدها میرزا حسینعلى از اینکه قبول شهریه از دولت نموده بود، اظهار پشیمانى مىکرد. پس از تبعید میرزا حسینعلى به بغداد، این شهر و شهرهاى کربلا و نجف مرکز ثقل فعالیت هاى بابیان شد و روز به روز بر جمعیت ایشان افزوده مىشد. میرزا یحیى نیز که عموم بابیان او را جانشین بلا منازع باب مى دانستند و در هنگام تیراندازى به شاه در نور بسر مىبرد، توانسته بود با لباس درویشى و عصا و کشکول، مخفیانه به بغداد برود. او چهار ماه زودتر از بهاء الله به بغداد رسید اما بنابر روش سابق، اکثر اوقات را در خفا مىگذراند و میرزا حسینعلى عملا رهبرى بابیان را در دست داشت.
این موقعیت از یک سو و بروز برخى ادعاها در میان بابی ها از سوى دیگر، سبب شد که میرزا حسینعلى گهگاه نزد خاصان خویش داعیه هایى را مطرح کند و به تصرف مسند ریاست بابیان بیندیشد، اما بعضى از قدماى بابیه رفتار ریاست طلبانه و تمهیدات او را براى کنار زدن برادرش دریافتند و موضوع را به میرزا یحیى گوشزد کردند و در نتیجه آن، میرزا حسینعلى بغداد را ترک گفت و با نام مستعار «درویش محمد» به مدت دو سال، در جبال سلیمانیه عراق، در میان دراویش نقشبندیه و قادریه زیست. سرانجام نیز با نوشتن نامه و «عریضه» اى ترحمانگیز برادر را بر سر مهر آورد ـ و به تعبیر خودش «از مصدر امر حکم رجوع صادر شد». بعد از بازگشت به بغداد، میرزا حسینعلى همچنان خود را مطیع برادرش مى دانست و در ١٢٧٨ کتاب ایقان را در اثبات دعاوى باب نوشت و بر انقیاد خود نسبت به جانشین او (یحیى، کلمه مستور) تأکید کرد. موضوع دیگرى که در سالهاى اقامت بابیان در بغداد (١٢۶٩-١٢٧٩)روى داد، دعوى «من یظهره اللهى» چند تن از آنان بود. «من یظهره الله» (کسى که خدا او را آشکار مىکند) عنوانى است که باب، بعد از ادعاى شریعت جدید و تألیف کتاب بیان، براى «موعود بیان» انتخاب کرد . او در کتاب بیان فارسى، خود را مبشر این موعود خوانده و پیروانش را به ایمان آوردن به این مظهر جدید، که به مراتب اعظم و اشرف از ظهور خود اوست، سفارش و تأکید کرده بود که «وقت ظهور من یظهره الله را جز خداوند کسى عالم نیست» . با این همه، از تعبیرات وى بر مىآید که زمان تقریبى دو هزار سال را در نظر داشته است، بویژه آنکه ظهور آن موعود را به منزله نسخ بیان مى دانسته است. اما شمارى از سران بابیه به این موضوع اهمیت ندادند و چه بسا با توجه به سستى و ناتوانى میرزا یحیى در اداره امور، و به انگیزه هاى دیگر، خود را «موعود بیان» خواندند. به نوشته میرزا آقا خان کرمانى و شیخ احمد روحى «کار به جایى رسید که هر کس بامدادان از خواب پیشین بر مىخاست، تن را به لباس این دعوى مىآراست» و به نوشته شوقى افندى، سومین رهبر بهائیان، فقط در بغداد بیست و پنج نفر این مقام را ادعا کردند.
بیشتر این مدعیان با طراحى میرزا حسینعلى و همکارى میرزا یحیى یا کشته شدند یا از ادعاى خود دست برداشتند .حضور بابیان در عراق بویژه در کربلا و نجف، مشکلات دیگرى نیز آفرید. به نوشته برخى منابع بهائى در عراق شیوه بابیان این بود که شبهاى تار، به دزدیدن ملبوس و نقدینه و کفش و کلاه زوار اماکن مقدسه بپردازند، و به تعبیر میرزا حسینعلى «در اموال ناس من غیر اذن تصرف مىنمودند و نهب و غارت و سفک دماء را از اعمال حسنه مىشمردند» . علاوه بر آن، در میان خود بابی ها نیز بازار آشوبگرى و آدم کشى رونق داشت و برخى منابع بابى از دخالت میرزا حسینعلى در این فجایع خبر دادهاند. (براى فهرست کتاب هاى پیروان باب از گزارش کارهاى میرزا حسینعلى در عراق رجوع شود به: تنبیه النائمین عزیه خانم نورى، مقدمه ناشر، ص ٢-۴) . به نوشته ادوارد براون بر اثر کثرت جنگ و جدال که هر روزه ما بین بابیان و مسلمانان دست مىداد، از دست ایشان بناى شکایت گذاردند، دولت ایران نیز نگران آشوب گرى بابی ها بود، از این رو از دولت عثمانى خواست که بابی ها را از بغداد انتقال دهد و دولت عثمانى براى خاتمه دادن به این نزاع ها، که لا ینقطع در عراق عرب روى مى داد، در اوایل ١٢٨٠آنان را از بغداد به استانبول و بعد از چهار ماه به ادرنه کوچ داد. گفتنى است که بابی ها در دوره اقامت بغداد، با قبول تابعیت دولت عثمانى و قرار گرفتن در حمایت آنان، این امکان را یافته بودند که نسبت به مقامات ایرانى با آزادى و بىپروایى و اوصاف گوناگون سخن بگویند و بنویسند (محیط طباطبایى، مجله گوهر،سال ٣، ش۵، ص٣۴۵).