ترکان سلجوقی در سال ۴۴۷ق با استفاده از ضعف آل بویه – که شیعه مذهب بودند – به بغداد حمله کردند و با اشغال آن، حکومت آل بویه را برانداختند.با انقرض آل بویه بر آزار و اذیت شیعیان توسط اهل سنت و سلجوقیان افزوده شد.در این زمان عبد الملک وزیر طغرل بیک، به محلههای شیعه نشین حمله کرد و به کشتار آنان پرداخت.در همین سال ها که خواجه نظام الملک وزیر آنها در تدارک ساختن مدارس علمیه نظامیه با بودجه کلان دولتى برای ترویج مبانى اهل سنت بود، به خانه شیخ طوسى عالم برجسته شیعه که مجلس درس خود را در بغداد برگزار مى کرد، حمله کردند تا وی را به قتل برسانند، ولی او را نیافتند و وسایل منزل و کتاب های او را به آتش کشیدند و نابود ساختند. گفتهاند طغرل بیک چندین بار کتابهای شیخ طوسی را در ملأ عام سوزاند. پس از این حادثه ، شیخ از بغداد خارج شد و به نجف رفت و حوزه علمیه نجف را در سخت ترین شرایط تأسیس کرد…
پس از هجرت شیخ طوسی در سال ۴۴٨ق از بغداد به نجف، وی حوزه علمیه را بنا نهاد. اگرچه پیش از آمدن شیخ، در نجف حلقههای بحث و درس در جوار مرقد امیرمؤمنان(ع) علیهالسلام برقرار بوده و حوزه علمیه شکل گرفته بوده و بنابه گزارش ابن طاووس١، به هنگام دیدار عضدالدوله دیلمی از نجف در سال ۳۷۱ق، ۱۷۰۰ فقیه در این شهر بوده و با حضور شخصیت هاى علمى چون ابن خُمرى کوفى و هبه الله بن احمد کاتب، مشهور به ابن برنِیه و ابوالحسین اسحاق بن حسن عقرائی تمار که کتاب کلینی را از خود وی روایت میکرده و حضور شخصیتهای دینی و علمی دیگر در نجف، همچون شیخ صدوق و شنیدن حدیث از محمد بن علی بن فضل دهقان و نیز اقامت برخی نقبای شیعیان همانند ابن سدره، و اسکان تعدادی از خاندانهای اهل علم، مثل آل طحّان، در نجف، در زمره مستندات وجود حرکت علمی در نجف، پیش از شیخ الطائفه طوسی، ذکر شده است٢.
اما حوزه علمیه نجف پس از ورود شیخ طوسی و با حضور او (۴۴۸ـ۴۶۰ق) تثبیت شد.او که از شاگردان شیخ مفید و سید مرتضی علم الهدی بود، پس از فوت علم الهدی ریاست علمی شیعیان بغداد را برعهده گرفت. اندکی پس از ورود طغرل سلجوقی به بغداد، خانه و کتابخانه او را در حالی که خودش قبلا به نجف مهاجرت کرده بود آتش زدند. مدتی بعد، شیخ فعالیت علمی خود را در این شهر آغاز کرد و حوزه نجف با تلاشهای او پاگرفت. شیخ توانست اوضاع تحصیلی نجف را نظم بیشتر داده و حلقه های درسی را تشکیل و سامان دهد. عدهای اندک از کسانی که همراه شیخ از بغداد به نجف رفته یا شهرتش را شنیده بودند، به او پیوستند. کتاب امالی یا المجالس شیخ گواهِ انضباطی است که او در حوزه نو تأسیس نجف در انتقال علوم به شاگردانش برقرار کرده بود. طوسی همچنین علما و شاگردان را به فقه استدلالی و اجتهادی جهت داد.گفته شده که شیخ در آنجا ۳۰۰ مجتهد تربیت کرد و کتاب های متعددی به نگارش آورد.
ابتکارات شگرف شیخ طوسى -که به حق شیخ الطائفه نام گرفت-در حوزه اصول، فقه و دفاعش از فقه تفریعی در حوزه شریعت و توفیقش در ترویج و تحکیم روشهای استدلال و استنباط آرا و نظریات وی تا مدت ها به دلیل عظمت شخصیت او در مجامع علمی شیعه بدون معارض و نقدناپذیر رواج یافت و پیروانش بیش از یک قرن درصدد خردهگیری و نقد و بررسی نظریاتش برنیامدند. به تعبیر شهید ثانی و صاحب معالم، ابن شهید ثانی همه فقها تنها ناقل گفتههای او بودند. این حوزه بدون هیچ وابستگى به دولت ها -حتى با مخالفت یا سنگ اندازى آنها- توانست کیان علمى را حفظ و توسعه دهد بعضى از تربیت یافتگان حوزه شیخ در این دوره عبارت است از: ابوعلی طوسی، فرزند شیخ طوسی، (متوفی ۵۱۵)-که نزد علمای شیعه با عنوان مفیدثانى شهرت دارد-با اثری چون المرشد الی سبیل المتعبد و الامالی؛.ابن شهرآشوب مازندرانی، ابوعلی فضل بن حسن طبرِسی مؤلف مجمع البیان و ابوعبدالله حسین بن احمدبن طحّال مقدادی ؛شیخ ابوالوفاء عبدالجبار رازی، شیخ ابومحمدحسن بن بابویه قمی و شیخ ابوعبدالله محمدبن هبهالله طرابلسی و بسیارى از علما و فقهائى که از این حوزه دانش آموخته بودند٣…
————–
١.ابن طاووس،فرحه الغرى/١٣٢-١٣٣. ٢. ر.ک:حسن طارمی راد، تاریخ فقه و فقها، ج ۲؛ محمد غروی، الحوزه العلمیه فی النجف الاشرف؛محمد بحرالعلوم، الجامعه العلمیه فی النجف عبر ایامها الطویله»، مجله الموسم، ش ۱۸ (۱۴۱۴)؛ الدراسه و تاریخها فی النجف”،موسوعه العتبات المقدسه، تألیف جعفر خلیلی، ج ۷، جزء۲ و ابن شهراشوب،معالم العلماء؛شبیرى،رجال نجاشى و…. ٣.همان.