در روایات معدودى ،امام عصر ارواحنا فداه بعضى از آیات قرآن را تفسیر فرموده اند.امام ، یکى از دوثقل(قرآن و عترت) و مبین و مفسر واقعى کتاب خداست و حامل علم قرآن و آشنای به بطون و اسرار آن.اى کاش با غیبت از دریافت دانش تبیین و تفسیرش محروم نگشته و از چشمه سار علوم الاهى و دانش وحیانى او که از پدرانش و آنها از پیامبر علیهم السلام به ارث برده اند ،سیراب مى شدیم .دعا کنیم این محرومیت هرچه زودتر پایان پذیرد :چه خوش است صوت قرآن زتو دلربا شنیدن/به رخت نظاره کردن،سخن خدا شنیدن/ زعلوم بیشمارت ز بیان دلگشایت/هله بهره ها گرفتن، به کمال ها رسیدن…اینک نمونه هایی از تفسیر آیات قرآن توسط حضرت ولی عصر ارواحنا فداه:
امام علیه السلام برای بیان حکمت انتصابى بودن رهبران الاهى توسط خداوند به این آیه شریفه استناد و آن را تفسیر مى فرمایند که وقتى قرار شد موسی تعدادی از فرهیختگان قوم را برای رفتن به میقات برگزیند ،با اینکه پیامبر الاهى بود،انتخاب او کارساز نبود و آنها هلاک شدند: «وَ اخْتارَ مُوسى قَوْمَهُ سَبْعینَ رَجُلاً لِمیقاتِنا فَلَمَّا أَخَذَتْهُمُ الرَّجْفَهُ قالَ رَبِّ لَوْ شِئْتَ أَهْلَکْتَهُمْ مِنْ قَبْلُ وَ إِیَّایَ أَ تُهْلِکُنا بِما فَعَلَ السُّفَهاءُ مِنَّا إِنْ هِیَ إِلاَّ فِتْنَتُکَ تُضِلُّ بِها مَنْ تَشاءُ وَ تَهْدی مَنْ تَشاءُ أَنْتَ وَلِیُّنا فَاغْفِرْ لَنا وَ ارْحَمْنا وَ أَنْتَ خَیْرُ الْغافِرین»؛ موسى از قوم خود، هفتاد تن از مردان را براى میعادگاه ما برگزید؛ و هنگامى که زمین لرزه آنها را فرا گرفت [و هلاک شدند]، گفت: پروردگارا! اگر میخواستى، میتوانستى آنها و مرا پیش از این نیز هلاک کنى! آیا ما را به آنچه سفیهانمان انجام دادهاند، ([مجازات و] هلاک میکنى؟! این، جز آزمایش تو، چیز دیگر نیست؛ که هر کس را بخواهى [و مستحق بدانى]، به وسیله آن گمراه میسازى؛ و هر کس را بخواهى [و شایسته ببینى]، هدایت میکنى! تو ولىّ مایى، و ما را بیامرز، بر ما رحم کن، و تو بهترین آمرزندگانى!
سعد بن عبدالله میگوید: از امام مهدى(ع) سؤال کردم اى مولای من علت چیست که مردم از برگزیدن امام براى خویشتن ممنوع شدهاند؟ فرمود: «امام مصلح برگزینند یا امام مُفسد؟» گفتم: امام مصلح. فرمود: «آیا امکان ندارد که برگزیده آنها مفسد باشد؟ چون کسى از درون دیگرى که صالح است یا فاسد مطلع نیست». گفتم: آرى امکان دارد. فرمود: «علت همین است و براى تو دلیل دیگرى بیاورم که عقلت آنرا بپذیرد». فرمود: «رسولان الهى که، خداى تعالى آنها را، برگزید و بر آنها کتاب فرستاد چگونهاند؟ آیا مثل موسى(ع) و عیسى(ع) که پیشوایان امت هستند و بر برگزیدن شایستهترند و عقلشان بیشتر و عملشان کاملتر آیا ممکن است منافق را به جاى مؤمن برگزینند؟». گفتم: خیر. فرمود: «امّا همین موسى کلیم الله، با وجود عقل فراوان و کمال علمش و نزول وحى بر او، از میان بزرگان قومش و سران لشکرش هفتاد مرد را براى میعاد پروردگارش برگزید که در ایمان و اخلاص آنان تردید نداشت؛ ولى در میان آنان، منافقان هم انتخاب شدند؛
خداى تعالى میفرماید: “وَ اخْتارَ مُوسى قَوْمَهُ سَبْعینَ رَجُلاً…” تا آیه “لَنْ نُؤْمِنَ لَکَ حَتَّى نَرَى اللهَ جَهْرَهً” و تا آنجا که فرمود: “فَأَخَذَتْهُمُ الصَّاعِقَهُ بِظُلْمِهِمْ” پس حال که دیدیم انتخاب کسى که خداوند، او را براى پیغمبرى برگزیده بود، به افسد تعلّق گرفت و نه اصلح، در حالى که به گمان خودش اصلح بودند و نه افسد، در مییابیم که انتخاب، تنها، حقّ کسى است که از آنچه سینهها پنهانش میدارند آگاه است و باطن مردم بر او آشکار است و میدانیم که برگزیدن مهاجر و انصار هیچ ارزشى ندارد در صورتى که انتساب پیغمبران بر اهل فساد اصابت میکند با آن که مقصودشان انتخاب افراد صالح بوده است»[چگونه مردم عادى خواهند توانست فرد اصلح را برای هدایت خویش برگزینند؟!]